常见肿瘤表型

By Kaiyi

研究某个基因在肿瘤中的表型：

1、临床表型（基于肿瘤患者队列）

• 风险比（Hazard ratio）

  • 列线图（OS）

  • 多因素COX回归

  • ROC曲线

• 预后

  • OS生存曲线图

  • PFS生存曲线图

• 基因RNA转录水平改变

  • 目的基因在差异基因中的排名：瀑布图

  • 公共芯片/RNAseq数据：箱线图、山脊图

  • 单细胞转录组/空间转录组：UMAP图、气泡图、小提琴图

  • 单细胞转录组：平均表达量与恶性细胞比例相关性分析

• 基因蛋白表达水平改变

  • 公共蛋白组队列

  • 配对切片IHC染色

  • 配对切片WB

  • 小鼠自发肿瘤与正常组织配对WB

2、增殖表型

• 细胞系：

  • EdU 染色：统计阳性率

  • CCK8生长曲线

  • 克隆形成

  • 细胞系WB验证过表达/敲除效率

• 皮下瘤：

  • 生长曲线

  • 肿瘤大小展示

  • 肿瘤体积统计

  • Ki67染色：阳性率定量

  • 组织WB验证过表达/敲除效率

• 基因条件性敲除小鼠：

  • 自发成瘤模型：肿瘤数量/大小检测

  • 组织WB/IHC验证敲除效率

3、侵袭转移表型

• 细胞系：

  • WB检测EMT标志物：如EMT能力增强，可能出现E-cadherin下调，N-cadherin、Snail、Slug、ZEB1、ZEB2、TWIST1、Vimentin等上调

  • 细胞划痕实验（伤口愈合实验）

  • Transwell小室：

    • 无基质胶：迁移

    • 有基质胶：侵袭

  • 3D细胞侵袭实验

  • 反向侵袭实验

• 动物实验：

  • 活体成像检测发光信号

  • 解剖器官标本观察转移灶

  • 标本石蜡切片HE染色检测转移灶

  • 生存曲线