# 常见肿瘤表型

研究某个基因在肿瘤中的表型：

1、临床表型（基于肿瘤患者队列）

* 风险比（Hazard ratio）
  * 列线图（OS）
  * 多因素COX回归
  * ROC曲线
* 预后
  * OS生存曲线图
  * PFS生存曲线图
* 基因RNA转录水平改变
  * 目的基因在差异基因中的排名：瀑布图
  * 公共芯片/RNAseq数据：箱线图、山脊图
  * 单细胞转录组/空间转录组：UMAP图、气泡图、小提琴图
  * 单细胞转录组：平均表达量与恶性细胞比例相关性分析
* 基因蛋白表达水平改变
  * 公共蛋白组队列
  * 配对切片IHC染色
  * 配对切片WB
  * 小鼠自发肿瘤与正常组织配对WB

2、增殖表型

* 细胞系：
  * EdU 染色：统计阳性率
  * CCK8生长曲线
  * 克隆形成
  * 细胞系WB验证过表达/敲除效率
* 皮下瘤：
  * 生长曲线
  * 肿瘤大小展示
  * 肿瘤体积统计
  * Ki67染色：阳性率定量
  * 组织WB验证过表达/敲除效率
* 基因条件性敲除小鼠：
  * 自发成瘤模型：肿瘤数量/大小检测
  * 组织WB/IHC验证敲除效率

3、侵袭转移表型

* 细胞系：
  * WB检测EMT标志物：如EMT能力增强，可能出现E-cadherin下调，N-cadherin、Snail、Slug、ZEB1、ZEB2、TWIST1、Vimentin等上调
  * 细胞划痕实验（伤口愈合实验）
  * Transwell小室：
    * 无基质胶：迁移
    * 有基质胶：侵袭
  * 3D细胞侵袭实验
  * 反向侵袭实验
* 动物实验：
  * 活体成像检测发光信号
  * 解剖器官标本观察转移灶
  * 标本石蜡切片HE染色检测转移灶
  * 生存曲线