📉TCGA/CTPAC分析
By Kaiyi
1、前期准备
rm(list = ls())
#确立工作目录
setwd("D:/Lessons/Bioinformatics/Pj_data/TCGA")
#加载R包
library(survival) #生存曲线
library(survminer) #生存曲线
library(forestmodel) #森林图
library(DESeq2) #差异分析
library(msigdbr) #GSEA
library(clusterProfiler) #GSEA
library(GseaVis) #GSEA
library(limma) #差异分析
library(ggplot2)
library(stringr)
library(tidyverse)
library(mice) #填补缺失值
library(maftools) #CNV分析
library(immunedeconv) #免疫浸润
library(CancerSubtypes) #癌症分型
library(GenVisR) #Maf可视化
library(GSVA) #ssGSEA
library(EnhancedVolcano)#火山图2、Kaplan-Meier生存分析
3、Cox回归分析
4、mRNA转录组差异分析
5.1、GSEA富集分析
5.2 单基因GSEA分析（两种思路）
6、蛋白质组学/磷酸化蛋白质学组差异分析
7、臂级体细胞拷贝数改变 (SCNA) 事件分析
8、非整倍体评分分析
9、免疫浸润分析
10、多组学分子亚型聚类
11、随机森林筛选变量
12、SMG分析
13、KRAS亚型的功能注释
14、KRAS亚型的免疫浸润分析
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