TCGA数据下载

By Kaiyi Fu

获取mRNAseq表达矩阵等

1、从GDC官网下载

2024新版TCGA数据下载——超详细！小白必会Weixin Official Accounts Platform

新版TCGA数据下载及整理，获得表达矩阵Weixin Official Accounts Platform

2、用TCGAbiolinks下载

TCGA临床数据（化疗数据、用药反应等）和生存信息（4种临床结局）整理Weixin Official Accounts Platform

3、从cBioPortal下载

cBioPortal for Cancer Genomics

获取临床信息

齐全了！生存分析之TCGA临床信息的下载及整理包含肿瘤分期TNMWeixin Official Accounts Platform

获取生存信息等

TCGA-PAN CDR

GDC官方发表在cell上的文章：An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

这篇文章提取出了4种TCGA的随访结局（详情自己读文章）：

• OS：overall survival，总生存

• DSS：disease-specific survival，疾病特异生存

• DFI：disease-free interval，无病生存

• PFI：progression-free interval，无进展生存

这个结果可以直接下载：https://api.gdc.cancer.gov/data/1b5f413e-a8d1-4d10-92eb-7c4ae739ed81

也可以通过XENA（https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp）下载，但是两者略有区别（不影响使用）。