🔬ImageJ

By Kaiyi

WB条带灰度分析

  • 调整背景：Image → Type → 16bit

  • 背景均一化：Process → Substract background → light background + disable smoothing + rolling ball radius = 100

  • 旋转条带（必要时）：Image → Transform → Rotate

  • 选择区域：拉矩形框 → Analyze → Gels → Select first lane → Plot lanes → 垂直画线封口

  • 计算面积：魔棒工具选中 → 自动生成面积数值

划痕分析

粒径分析（肿瘤球直径/面积）

  • 调整背景：Image → Type → 16bit

  • 把颗粒和背景分开：Image → Adjust → Threshold → Apply

  • 把颗粒和颗粒分开：Process → Binary → Watershed

  • 设置参数：Analyze → Set Measurements → 选中想要的指标

  • 测量：Analyze → Analyze Particles

  • 如要提高准确性，可以手动用不规则图形工具圈选肿瘤球，然后点击Analyze → Measure

HE切片统一颜色

  • Photoshop

批量操作（以肿瘤球分析为例）

  • 打开一张图片，然后Plugins → Macros → Record

  • 然后运行对象操作，复制运行代码

#以肿瘤球分析代码为例
run("16-bit");
setAutoThreshold("Default no-reset");
//run("Threshold...");
setThreshold(0, 75, "raw");
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=5-Infinity display");

  • 点击Process → Batch → Macro，选择输入文件夹以及输出文件夹，复制代码，然后Process，即可得到分析结果以及处理后的图像。

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